Sakura Card Captor conta a história de Sakura Kinomoto, uma menina de dez anos, que encontra um estranho livro na biblioteca de sua casa. Curiosa, resolve abri-lo, encontrando em seu interior várias cartas, parecidas com aquelas do tarô. Quando lê o nome da primeira carta (vento), uma ventania invade o local, fazendo com que todas as outras cartas voem pela biblioteca, para em seguida, desaparecerem no ar. Não é só isso. De repente, surge, de dentro do livro, algo como um boneco de pelúcia amarelo, que na verdade é Kerberos, o guardião do livro, responsável por mantê-lo intacto e devidamente fechado. Logo descobrimos que aquelas são cartas mágicas, criadas há muito tempo por um mago muito poderoso chamado Leed Clow. Por este motivo são chamadas de cartas Clow. Kerberos, ou melhor, Kero, deveria estar protegendo o lacre do livro, mas acabou caindo no sono por uns 30 anos (!). Agora, Sakura, como responsável pela fuga das cartas, deve ajudar Kero a trancá-las de volta no livro, evitando assim, que uma terrível desgraça aconteça. É assim que ela se torna uma card captor e que a história começa.